Né en juillet 1958, titulaire d’une licence de lettres, diplômé de l’Institut d’Études Politiques de Grenoble, Werner GAGNERON débute sa carrière en qualité d’inspecteur des affaires sanitaires et sociales en 1983.

À sa sortie de l’ENA en 1991, il occupe les fonctions d’inspecteur à l’Inspection Générale de l’Administration (IGA) du ministère de l’Intérieur. Par la suite, il est nommé successivement Secrétaire général de la préfecture de la Meuse, en 1998, et sous-préfet de Saverne (Bas-Rhin) en 2001.
De retour à l’IGA en 2004, il est inspecteur général de l’administration depuis juin 2006.